Оля, абсолютно точно - имеете право, как законные представители ребенка, отказаться от любой медицинской помощи, включая и профилактическую. И настаивать на полном или частичном осмотре вторая сторона не может.
Возможно, что услуга действительно оплачивается комплексно, но это не ваши проблемы) это "тонкости" чиновников, а для граждан одно руководство - Конституция РФ-прежде всего, кодекся и федеральные законы. И в самую наипоследнейшую очередь, это инструкции чиновников, если они не нарушают права конкретной личности.
Я подписывала Нику полный отказ от диспансеризации.